Ο κύριος στόχος της νομοθεσίας της ΕΕ για την υγεία των φυτών είναι η προστασία της ασφάλειας των τροφίμων που παράγονται από φυτά και η διασφάλιση της υγείας και της ποιότητας των καλλιεργειών σε όλα τα κράτη μέλη.

Επίσης, ρυθμίζεται το εμπόριο των φυτών και των φυτικών προϊόντων εντός της ΕΕ καθώς και οι εισαγωγές από τον υπόλοιπο κόσμο σύμφωνα με τα διεθνή πρότυπα και υποχρεώσεις για την υγεία των φυτών.

Η ΕΕ εποπτεύει την πώληση και τη χρήση των προϊόντων προστασίας των φυτών ή των φυτοφαρμάκων και θέτει πρότυπα για την επιτήρηση και τον έλεγχο των καταλοίπων φυτοφαρμάκων. Εφαρμόζει προληπτικά μέτρα με σκοπό την προφύλαξη κατά της εισαγωγής και εξάπλωσης επιβλαβών για τα φυτά οργανισμών ή φυτικών προϊόντων εντός της ΕΕ. Επίσης διασφαλίζει τους όρους ποιότητας για την πώληση σπόρων και πολλαπλασιαστικού υλικού εντός της ΕΕ.

Η νομοθεσία της ΕΕ καλύπτει επίσης τα δικαιώματα διανοητικής ιδιοκτησίας που παρέχονται για ποικιλίες φυτών, καθώς και τη διατήρηση και τη χρήση των γενετικών πόρων.