De belangrijkste doelstelling van de EU-wetgeving inzake plantengezondheid is het beschermen van de veiligheid van levensmiddelen van plantaardige oorsprong en het waarborgen van de gezondheids- en kwaliteitsstatus van landbouwgewassen in alle lidstaten.

Ze regelt ook het handelsverkeer van planten en plantproducten in de EU en de invoer ervan uit de rest van de wereld, in overeenstemming met de internationale normen en verplichtingen betreffende plantengezondheid.

De EU houdt toezicht op de verkoop en het gebruik van gewasbeschermingsmiddelen, of pesticiden, en legt normen vast voor de monitoring en de controle van pesticideresidu's. Ze legt preventieve maatregelen op om de invoering en verspreiding van organismen die schadelijk zijn voor planten of plantproducten in de EU tegen te gaan. Ze stelt ook kwaliteitsvoorwaarden vast voor de verkoop van zaaizaad en teeltmateriaal in de EU.

De EU-wetgeving heeft ook betrekking op de voor plantenrassen toegekende intellectuele-eigendomsrechten, en op het behoud en het gebruik van genetische hulpbronnen.