O principal objectivo da legislação comunitária em matéria de fitossanidade é proteger a segurança dos alimentos de origem vegetal e assegurar a situação sanitária e qualitativa das colheitas em todos os Estados Membros.

Também regulamenta o comércio de plantas e produtos vegetais no seio da UE, assim como as importações do resto do mundo, de acordo com as normas e obrigações fitossanitárias internacionais.

A UE acompanha a venda e a utilização dos produtos fitossanitários ou pesticidas e estabelece normas para o acompanhamento e o controlo dos resíduos de pesticidas. Aplica medidas preventivas de protecção contra a introdução e a propagação, na UE, de organismos prejudiciais às plantas ou aos produtos vegetais. Assegura ainda condições de qualidade para a venda de sementes e materiais de propagação no interior da UE.

A legislação comunitária abrange igualmente os direitos de propriedade intelectual de que gozam as variedades vegetais, assim como a conservação e a utilização dos recursos genéticos.