Σκοπός του κοινοτικού συστήματος υγείας των φυτών είναι η προστασία των φυτών και των φυτικών προϊόντων από τις εισαγωγές επιβλαβών για αυτά οργανισμών και από την εξάπλωσή τους στην Κοινότητα.

Το κοινοτικό σύστημα υγείας των φυτών θεσπίζεται με την οδηγία του Συμβουλίου 2000/29/EΚ (που αποτελεί ενοποιημένη έκδοση της οδηγίας 77/93/ΕΟΚ). Οι γενικές αρχές βασίζονται στις διατάξεις που ορίζονται στη διεθνή σύμβαση του Οργανισμού Τροφίμων και Γεωργίας για την προστασία των φυτών και στη συμφωνία του Παγκόσμιου Οργανισμού Εμπορίου σχετικά με τα υγειονομικά και φυτοϋγειονομικά μέτρα.

Για να επιτευχθεί ο παραπάνω σκοπός, ανατίθενται στα κράτη μέλη δικαιώματα και υποχρεώσεις για να ρυθμίζουν τις μεταφορές των φυτών και των φυτικών προϊόντων εντός του εδάφους τους καθώς τις εισαγωγές φυτών και φυτικών προϊόντων στην Κοινότητα από τρίτες χώρες. Επίσης υποχρεώσεις αναλαμβάνουν και οι τρίτες χώρες που επιθυμούν να εξαγάγουν φυτά ή φυτικά προϊόντα στην Κοινότητα