Yhteisön kasvinsuojelujärjestelmän tavoitteena on suojella kasveja ja kasvituotteita niille haitallisten organismien kulkeutumiselta yhteisöön ja niiden leviämiseltä siellä.

Yhteisön kasvinsuojelujärjestelmä on luotu neuvoston direktiivillä 2000/29/EY (joka on direktiivin 77/93/ETY konsolidoitu versio). Yleisperiaatteet pohjautuvat Yhdistyneiden Kansakuntien elintarvike- ja maatalousjärjestön kansainvälisen kasvinsuojelusopimuksen ja Maailman kauppajärjestön terveys- ja kasvinsuojelutoimia koskevan sopimuksen määräyksiin.

Edellä mainitun tavoitteen saavuttamiseksi jäsenvaltioilla on oikeudet ja velvoitteet säännellä kasvien ja kasvituotteiden liikkumista alueellaan ja säännellä kasvien ja kasvituotteiden tuontia yhteisöön sen ulkopuolisista maista. Niihin ulkopuolisiin maihin, jotka haluavat viedä kasveja tai kasvituotteita yhteisöön, kohdistuu erinäisiä velvoitteita.