O objectivo do regime fitossanitário da Comunidade é a protecção das plantas e dos produtos vegetais contra a introdução de organismos que lhes sejam prejudiciais e contra a sua propagação no interior da Comunidade.

O regime fitossanitário da Comunidade está estabelecido na Directiva 2000/29/CE do Conselho (que é uma versão consolidada da Directiva 77/93/CEE). Os princípios gerais baseiam se nas disposições estabelecidas na Convenção Fitossanitária Internacional da Organização das Nações Unidas para a Alimentação e Agricultura e no Acordo sobre a Aplicação de Medidas Sanitárias e Fitossanitárias da Organização Mundial do Comércio.

Para atingir este objectivo, impõem se direitos e obrigações aos Estados Membros para regularem a circulação de plantas e produtos vegetais no seu território e para regularem a introdução na Comunidade de plantas e produtos vegetais provenientes de países terceiros. Impõem se obrigações aos países terceiros que pretendam exportar plantas ou produtos vegetais para a Comunidade.