La legislación comunitaria regula la comercialización y la utilización de productos fitosanitarios y la presencia de sus residuos en los alimentos.

En la Directiva 91/414/CEE se establece que las sustancias activas no pueden utilizarse en productos fitosanitarios a menos que estén incluidas en una lista positiva comunitaria. Se ha puesto en marcha un programa de evaluación de la UE para crear esta lista. La mayoría de las sustancias activas sometidas a evaluación son plaguicidas, pero otras muchas, como los reguladores del crecimiento, las feromonas, etc., no lo son. Se han cubierto todas las utilizaciones fitosanitarias, no sólo las de la agricultura. Otra legislación se ocupa de los plaguicidas utilizados en otros ámbitos, por ejemplo, como medicamentos veterinarios o biocidas. Una vez que la sustancia se ha incluido en la lista positiva, los Estados miembros pueden autorizar la utilización de los productos que la contengan.

Los residuos de plaguicidas en los alimentos están regulados por cuatro Directivas del Consejo: 76/895/CEE, 86/362/CEE, 86/363/CEE y 90/642/CE. En la actualidad se debate en el Parlamento y el Consejo una propuesta de la Comisión que tiene por objeto consolidarlas y modificarlas. La legislación cubre la fijación, la vigilancia y el control de los residuos de plaguicidas en los productos de origen vegetal y animal que puedan derivarse de su utilización fitosanitaria.

Los niveles máximos establecidos deben ser coherentes con las buenas prácticas agrícolas en los Estados miembros y los terceros países. Los niveles se fijan tras una evaluación de todos los posibles riesgos para los consumidores de distintos grupos de edad y sólo se establecen si se consideran seguros. La finalidad de estos niveles es la de facilitar el comercio; no son límites toxicológicos. El hecho de que sobrepase un nivel máximo es más indicativo de la utilización incorrecta de un plaguicida que un riesgo para el consumidor. No obstante, los casos en los que se sobrepasan los límites fijados se siguen muy de cerca, se evalúan y se comunican a las autoridades de los Estados miembros a través del sistema de alerta rápida para los alimentos siempre que existe un posible riesgo para los consumidores.