EU:n lainsäädännöllä säännellään kasvinsuojeluaineiden markkinoille saattamista ja käyttöä sekä niiden jäämiä elintarvikkeissa.

Neuvoston direktiivissä 91/414/ETY säädetään, että tehoaineita saa käyttää kasvinsuojeluaineissa ainoastaan, jos ne sisältyvät EU:n laatimaan sallittujen aineiden luetteloon. EU:n arviointiohjelma tämän luettelon luomiseksi on käynnistynyt. Useimmat arvioitavista tehoaineista ovat torjunta-aineita, mutta useat - kuten kasvunedistäjät, feromonit jne. - eivät ole. Kaikki kasvinsuojelutuotteiden käyttökohteet kuuluvat arvioinnin piiriin, eivät pelkästään maatalouden käyttökohteet. Muilla aloilla käytetyt torjunta-aineet, esimerkiksi eläinlääkinnässä tai biosideinä käytetyt aineet, kuuluvat muun lainsäädännön piiriin. Kun aine on sisällytetty sallittujen aineiden luetteloon, jäsenvaltiot voivat sallia sitä sisältävien tuotteiden käytön.

Elintarvikkeiden sisältämiä torjunta-ainejäämiä säännellään neljällä neuvoston direktiivillä: 76/895/ETY, 86/362/ETY, 86/363/ETY ja 90/642/ETY. Parlamentti ja neuvosto käsittelevät parhaillaan komission ehdotusta näiden direktiivien konsolidoimiseksi ja muuttamiseksi. Lainsäädäntö kattaa kasvinsuojelutuotteissa käytettävistä torjunta-aineista aiheutuvien jäämien enimmäismäärien vahvistamisen sekä niiden valvonnan ja seurannan kasvi- ja eläinperäisissä tuotteissa.

Vahvistetut enimmäismäärät ovat jäsenvaltioiden ja unionin ulkopuolisten maiden hyvän maatalouskäytännön mukaiset. Määrät vahvistetaan, kun on ensin arvioitu eri ikäryhmiin kuuluville kuluttajille aiheutuvat riskit. Määrät voidaan vahvistaa ainoastaan, jos niitä pidetään turvallisina. Määrien on tarkoitus helpottaa kauppaa, eivätkä ne ole toksikologisia raja-arvoja. Enimmäismäärien ylittyminen merkitsee ennemmin torjunta-aineen epäasianmukaista käyttöä kuin vaaraa kuluttajalle. Ylittymistä kuitenkin seurataan ja arvioidaan tarkasti, ja siitä ilmoitetaan jäsenvaltioiden viranomaisille elintarvikkeita koskevan nopean tietojenvaihtojärjestelmän avulla, jos kuluttajiin kohdistuu mahdollinen riski.