La FAO et l'OMS fournissent des avis d'experts scientifiques sur des aspects variés de la qualité et de la sécurité sanitaire des aliments, ainsi que de la nutrition, ayant un rapport avec les travaux de la Commission du Codex Alimentarius. Bien qu'elles ne soient pas officiellement incluses dans la structure de la Commission du Codex Alimentarius, les consultations d'experts FAO/OMS permettent de transmettre les avis d'experts scientifiques indépendants à la Commission et aux comités spécialisés et groupes de travail y afférents. La FAO et l'OMS disposent, pour ces consultations, de sites Web distincts où sont présentés les travaux effectués.