La santé animale est un élément clé du mandat de l’EFSA. Le concept de santé animale ne recouvre pas seulement les maladies animales mais également les relations cruciales entre bien-être animal, santé animale et sécurité des denrées alimentaires.

Le bien-être des animaux constitue un aspect important du mandat de l’EFSA. La sécurité de la chaîne alimentaire est affectée de manière indirecte par le bien-être des animaux, particulièrement ceux élevés pour la production alimentaire, en raison des liens étroits qui existent entre le bien-être animal, la santé animale et les toxi-infections alimentaires.

Les antimicrobiens sont des substances utilisées pour tuer les micro-organismes ou pour enrayer leur croissance et leur multiplication. Ils sont généralement utilisés pour traiter des maladies infectieuses dans les médicaments à usage humain et vétérinaire, par exemple sous la forme d’antibiotiques.

Le terme «encéphalopathies spongiformes transmissibles (EST)» recouvre une famille de maladies qui affectent le cerveau et le système nerveux des êtres humains et des animaux, caractérisées par une dégénérescence des tissus cérébraux qui donne au cerveau l’aspect d’une éponge. Les EST incluent l’encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) des bovins, la tremblante du mouton et de la chèvre ainsi qu’une variante de la maladie de Creutzfeldt Jakob (MCJv) et d’autres maladies humaines. L’ESB, qui a été diagnostiquée pour la première fois au Royaume-Uni en 1986, a posé d’abord un problème à l’échelle européenne puis au niveau mondial lié à la présence de protéines animales provenant de tissus animaux infectés dans les aliments pour animaux. Les études épidémiologiques suggèrent en fait que la source d’ESB résidait dans les aliments pour bovins préparés à partir de tissus animaux comme le cerveau et la moelle épinière, qui étaient contaminés par l’agent responsable de l’ESB.

Les traitements ayant pour objectif la décontamination des carcasses comprennent l’application d’une substance chimique sur les carcasses des animaux au cours du processus d’abattage afin de réduire la contamination par des microbes comme Salmonella ou Campylobacter. Eu égard aux règlements en vigueur dans l’UE, tous les fabricants du secteur alimentaire doivent appliquer de bonnes pratiques d’hygiène “de la ferme à l'assiette” afin de garantir l’absence totale de microbes pathogènes dans les aliments d’origine animale. En dehors d’un nettoyage des carcasses à l’eau, les traitements destinés à la décontamination ne doivent pas remplacer de bonnes pratiques d’hygiène et ne peuvent être envisagés que si une substance s’avère être sûre et efficace.

Il est essentiel pour la santé animale, pour l’environnement et pour la sécurité des aliments d’origine animale que les aliments pour animaux ne présentent aucun danger. Les exemples illustrant le lien étroit existant entre la sécurité des aliments pour animaux et les aliments que nous mangeons sont légion. Par exemple, dans l'UE, en 2001, l’utilisation des farines de viande et d’os de mammifères (FVOM) a été interdite dans tous les aliment destinés à l’alimentation des animaux d’élevage car on a pu établir un lien entre ces farines et la propagation de l’encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) chez les bovins ainsi qu'une relation entre la viande d'animaux malades de l’ESB et la transmission de la variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob (vMCJ) chez l’homme.

Les toxi-infections alimentaires sont dues à des microorganismes, tels que les bactéries, les virus et les parasites, ou bien aux toxines qu’ils sécrètent, présentes dans des denrées alimentaires contaminées. Beaucoup de microorganismes de ce type sont couramment retrouvés dans les intestins d’animaux producteurs de denrées alimentaires qui sont en bonne santé. Les risques de contamination sont présents de la ferme à la table, et ils nécessitent des contrôles effectués selon diverses approches.