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Résistance aux antimicrobiens

Résistance aux antimicrobiens

Les antimicrobiens sont des substances utilisées pour tuer les microorganismes ou pour enrayer leur croissance et leur multiplication. Ils sont généralement utilisés pour traiter des maladies infectieuses dans les médicaments à usage humain et vétérinaire, par exemple sous la forme d’antibiotiques. Les traitements antimicrobiens sont également utilisés pour les plantes et les denrées alimentaires, par exemple, sous la forme de biocides pour combattre des microbes pathogènes dont certains – tels Salmonella, Campylobacter et Listeria – sont responsables d’infections d’origine alimentaire.

L’on entend par résistance aux antimicrobiens l’aptitude qu’ont les microbes à résister aux traitements antimicrobiens. Ce phénomène préoccupe les scientifiques et les décideurs politiques car l’utilisation abusive ou à mauvais escient d’antibiotiques est connue pour favoriser l’émergence et la propagation de microbes résistants, rendant ainsi les traitements contre ces microbes inefficaces. Cette situation peut constituer un risque important pour la santé publique. Un exemple bien connu en est la bactérie du Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM), dont certaines souches ont été signalées comme résistantes à plusieurs classes d’antimicrobiens.

Dans le domaine de la sécurité des aliments, il est nécessaire, pour les décideurs, de pouvoir identifier les risques potentiels pour les consommateurs et d’établir les meilleures solutions de lutte afin de réduire les risques liés au développement de la résistance aux antimicrobiens. Les scientifiques et les évaluateurs des risques étudient les différents facteurs qui peuvent engendrer une résistance aux antimicrobiens dans la chaîne alimentaire, en fournissant aux décideurs les conseils scientifiques nécessaires.

Cadre réglementaire de l’UE

En 2001, la Commission européenne a lancé une stratégie communautaire de lutte contreles risques associés àla résistance antimicrobienne pour la santé humaine, animale et végétale. Cette stratégie impliquait notamment le retrait progressif des antibiotiques à usage non médical chez les animaux et couvrait une série d’actions au niveau national et communautaire, relatives à la collecte de données, à la surveillance, à la recherche et à la sensibilisation sur le sujet. Une recommandation ultérieure du Conseil, adoptée en 2002 et relative à l'usage modéré des antibiotiques, exposait les mesures qui devraient être prises par les États membres dans le secteur de la médecine humaine pour réduire la résistance aux antimicrobiens.

Plusieurs mesures en matière de gestion des risques ont été mises en place dans le domaine de la sécurité des aliments. Depuis janvier 2006, la législation communautaire sur l'alimentation animale interdit l’usage d’antibiotiques utilisés pour favoriser la croissance dans les aliments pour animaux.

La législation communautaire sur les zoonoses (maladies ou infections animales transmissibles à l’homme, comme la Salmonellose) oblige les États membres à surveiller les tendances de la résistance aux antimicrobiens dans les zoonoses ou d’autres agents qui représentent une menace pour la santé publique.

Au niveau international, des pays coopèrent par l’intermédiaire d’un Groupe intergouvernemental spécial sur la résistance aux antimicrobiens de la Commission du Codex Alimentarius où la Commission européenne représente l’UE.

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies organise chaque année la Journée européenne de sensibilisation aux antibiotiques, en étroite collaboration avec l’Organisation mondiale de la santé.

Rôles et activités de l’EFSA

L’EFSA prodigue des conseils scientifiques aux gestionnaires des risques concernant les risques pour la santé humaine et animale de l’éventuelle émergence, propagation et transmission à l’homme de la résistance aux antimicrobiens à travers la chaîne alimentaire. Étant donné que le problème recouvre différents segments de la chaîne alimentaire, l’EFSA a adopté une approche intégrée impliquant plusieurs de ses groupes et unités scientifiques.

Tandis que l’EFSA formule dans ses avis des recommandations concernant la surveillance de la résistance aux antimicrobiens dans la chaîne alimentaire, le laboratoire communautaire de référence pour la résistance antimicrobienne a pour rôle de soutenir la Commission européenne dans le développement et l’assurance qualité des méthodes utilisées pour tester la résistance aux antimicrobiens.

Les denrées alimentaires en tant que transmetteurs de la résistance antimicrobienne

En juillet 2008, le groupe BIOHAZ a émis un avis sur la résistance aux antimicrobiens d'origine alimentaire en tant que danger biologique. Cet avis avait pour objectif d’examiner la manière dont la nourriture pouvait devenir un transmetteur de bactéries résistantes aux antimicrobiens pour l'homme. Ce groupe a examiné des aliments contaminés par des bactéries chez les animaux vivants, dans des produits frais en provenance de terres récemment irriguées par de l'eau contaminée et dans des aliments contaminés lors de la manipulation et la préparation. L’avis comporte des recommandations pour prévenir et contrôler la transmission des bactéries résistantes, en soulignant que l’application de bonnes pratiques d’hygiène à tous les stades de la chaîne alimentaire a une importance cruciale.

En novembre 2009, l’EFSA, le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, l’Agence européenne des médicaments et le comité scientifique des risques sanitaires émergents et nouveaux de la Commission ont publié un avis scientifique commun sur la résistance aux antimicrobiens, plus particulièrement axé sur les infections transmises à l’homme par les animaux et l’alimentation. L’avis conclut qu’au cours des dernières années, la résistance des bactéries aux antimicrobiens s’est accrue dans le monde entier, rendant plus difficile le traitement de certaines infections humaines et animales. Des préoccupations spécifiques existent dans le domaine de la médecine humaine en ce qui concerne la résistance des bactéries aux antibiotiques utilisés dans le traitement des infections à Salmonella et Campylobacter — les deux infections zoonotiques les plus fréquemment signalées en Europe. Bien que l’utilisation d’antibiotiques soit considérée comme le facteur principal du développement de la résistance aux antibiotiques, l’avis conclut que l’utilisation de biocides (y compris les désinfectants, les antiseptiques et les agents conservateurs) peut également jouer un rôle dans ce phénomène de résistance aux antimicrobiens.

Surveillance de la résistance aux antimicrobiens dans la chaîne alimentaire

Assistée d'un groupe de travail composé d’experts issus des États membres, l'unité de l’EFSA en charge de la collecte de données relatives aux zoonoses analyse les données sur la résistance aux antimicrobiens au sein d'isolats de Salmonella et de Campylobacter en provenance d’animaux et de denrées alimentaires d’origine animale. Cette procédure est requise annuellement des États membres en application de la législation européenne sur les zoonoses. Ce groupe publie le rapport de synthèse communautaire annuel sur les tendances et les sources des zoonoses, les agents zoonotiques et la résistance aux antimicrobiens dans l’UE, en coopération avec l’ECDC (Centre européen de prévention et de contrôle des maladies). Les groupes scientifiques BIOHAZ et AHAW de l’EFSA analysent chaque rapport annuel et établissent des recommandations concernant les mesures de prévention et de réduction à prendre. Dans leur dernier avis, le phénomène de résistance aux antimicrobiens est identifié en tant que problème de santé publique et le groupe formule des recommandations, notamment la surveillance obligatoire de l’utilisation d’antimicrobiens chez les animaux producteurs de denrées alimentaires. L’unité « Zoonoses » collecte également des données sur la résistance aux antimicrobiens chez les microbes autres que les microbes zoonotiques, s’ils présentent un risque pour l’homme (p. ex., E.Coli et Enterococci). L'unité a également développé un document d'orientation pour surveiller et signaler de façon harmonisée les cas de résistance aux antimicrobiens chez les animaux et dans les aliments à travers l'Europe.

Risques de SDRM en provenance d’animaux et d’aliments

L’apparition du SARM (Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline) a été constatée chez des animaux producteurs de denrées alimentaires et plusieurs États membres réalisent actuellement des études pour mieux comprendre l’impact de ces découvertes. Le groupe de travail de l’EFSA en charge de la collecte des données relatives aux zoonoses a recommandé la réalisation d’une étude de référence sur la prévalence du SARM chez les porcs de reproduction, afin d’aider à quantifier la propagation du SARM chez les animaux de ferme au sein de l’UE. En novembre 2009, l’analyse de cette étude de référence a été publiée.

L’enquête s’est déroulée au sein de 24 États membres. Parmi ceux-ci, 17 ont détecté un certain type de SARM dans leurs exploitations de porcs reproducteurs et 7 n’en ont détecté aucun. En moyenne, différents types de SARM ont pu être observés dans 1 exploitation porcine sur 4 dans l’ensemble de l’UE mais l’étude indique également que les chiffres varient de façon significative d’un État membre à l’autre. L’EFSA conseille de surveiller les porcs et d’autres animaux destinés à la consommation et recommande en outre que de nouvelles études soient réalisées sur le SARM dans les différents États membres et de les utiliser pour proposer de possibles mesures de contrôle.

En 2009, le groupe BIOHAZ a entrepris une activité de sa propre initiative visant à évaluer l’incidence, pour la santé publique, du SARM chez les animaux et dans les denrées alimentaires . Cette évaluation avait pour objectif d’examiner le risque, pour la santé humaine, du SARM associé aux animaux producteurs de denrées alimentaires, l’importance de l’alimentation et des animaux — soit domestiques soit producteurs de denrées alimentaires — quant au risque d’infection pour l’homme, et de déterminer quelles espèces animales et aliments dérivés pourraient présenter le plus de risques. L’avis scientifique examinait également les options de contrôle possibles pour minimiser le risque de transmission du SARM à l’homme. Le groupe scientifique a observé l’émergence d’un type spécifique de SARM (CC398) chez les animaux producteurs de denrées alimentaires, le plus souvent associé à des porteurs asymptomatiques chez les animaux issus d’élevages intensifs. L’avis a conclu que, lorsque la prévalence de SARM chez les animaux producteurs de denrées alimentaires est élevée, les individus en contact avec des animaux vivants — plus spécialement les fermiers, les vétérinaires et leurs familles — sont soumis à un risque plus important que la population générale. Le groupe scientifique a observé que des aliments pouvaient être contaminés par la souche CC398 mais celle-ci n’est néanmoins pas associée à des intoxications alimentaires et, actuellement, il n’existe pas de preuve qu’il y ait un risque d’infection plus élevé a la suite d’un contact ou de la consommation de ces aliments. Le groupe a proposé plusieurs recommandations, notamment le suivi et la surveillance systématique du SARM chez les animaux issus d’élevages intensifs.

Utilisation de traitements de décontamination antimicrobiens

Dans certains pays, les producteurs de denrées alimentaires utilisent des traitements de décontamination sur les carcasses d’animaux afin de tuer les microbes responsables des maladies d’origine alimentaires (Salmonella ou Campylobacter). En Europe, ce traitement ne doit pas se substituer aux bonnes pratiques d’hygiène et il ne peut être envisagé que s'il a été prouvé que la substance concernée est sûre et efficace.

Le groupe BIOHAZ de l’EFSA et l’ancien groupe AFC ont également fourni un avis scientifique à la Commission relatif à la sécurité et l'efficacité de telles pratiques. En 2008, le groupe BIOHAZ a examiné le développement potentiel de la résistance aux antimicrobiens liée à quatre substances utilisées pour traiter les carcasses de volailles. Il a constaté qu’il n’existait aucune donnée publiée indiquant que les quatre substances engendreraient une plus grande tolérance bactérienne aux substances spécifiques ou une plus grande résistance aux antibiotiques thérapeutiques et autres agents antimicrobiens. Pour poursuivre ce travail et assister plus avant la Commission, le groupe BIOHAZ mettra à jour son guide technique sur la surveillance et la collecte de données relatives à la résistance aux antimicrobiens, en rapport avec les traitements de décontamination, en collaboration avec le Laboratoire communautaire de référence pour la résistance aux antimicrobiens.

Microorganismes ajoutés aux aliments destinés à l’alimentation animale

Les microorganismes peuvent être utilisés dans l’alimentation animale, par exemple pour prévenir des problèmes de santé ou améliorer les performances en matière de production d'aliments. La législation européenne sur les additifs alimentaires exige que ceux-ci ne contiennent aucune substance antibiotique et qu’ils fassent l’objet de tests de résistance aux antibiotiques utilisés en médecine humaine et vétérinaire. Le groupe scientifique FEEDAP est responsable de l’évaluation de la sécurité des additifs utilisés en alimentation animale, y compris l'évaluation des risques liés à la résistance aux antimicrobiens en cas d'implication de microorganismes. Pour s’assurer que les évaluations de l’EFSA restent toujours cohérentes eu égard aux dernières avancées scientifiques, le groupe a mis à jour, en juin 2008, les critères utilisés pour l'évaluation de la résistance antimicrobienne en alimentation animale afin de déterminer les risques associés au phénomène de résistance aux antimicrobiens.

Utilisation des gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques dans les plantes génétiquement modifiées

Les gènes marqueurs codant la résistance à certains antibiotiques peuvent être utilisés dans la modification génétique afin d’aider l’identification des cellules génétiquement modifiées parmi les cellules non transformées.
En juin 2009, l’’EFSA a publié une synthèse consolidée sur l’utilisation des gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques (GMRA) dans des plantes génétiquement modifiées qui inclut un avis scientifique commun élaboré par les groupes scientifiques GMO et BIOHAZ de l’EFSA. D’après les informations disponibles actuellement, les deux groupes scientifiques ont conclu que, lors de l’utilisation de plantes GM, il est peu probable que le transfert des deux gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques nptII et aadA à partir de plantes génétiquement modifiées vers des bactéries engendre des effets indésirables sur la santé humaine et sur l’environnement. Les incertitudes dans cet avis scientifique sont dues aux limitations liées, entre autres, à l’échantillonnage et à la détection ainsi qu’aux difficultés posées par l’estimation des niveaux d’exposition et l’incapacité d’affecter les gènes de résistance transférables à une source définie. Deux membres du groupe scientifique BIOHAZ ont exprimé un avis minoritaire concernant la possibilité que les gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques engendrent des effets indésirables sur la santé humaine et l’environnement.

Dans un avis scientifique distinct, le groupe GMO a réexaminé les évaluations précédentes qu’il avait réalisées sur des plantes génétiquement modifiées contenant des GMRA à la lumière des résultats et des conclusions de l’avis scientifique commun des groupes GMO et BIOHAZ. Il a conclu que ses évaluations de risques précédentes sur l’utilisation du gène marqueur nptII dans des plantes génétiquement modifiées étaient conformes à la stratégie d’évaluation des risques décrite dans l’avis commun, et qu'aucune nouvelle preuve scientifique n'avait été apportée qui pourrait l’inviter à modifier ses avis précédents concernant ces plantes GM.

Suite à l’adoption de l’avis scientifique commun des groupes GMO et BIOHAZ, l’EFSA leur a demandé si les avis minoritaires rendaient nécessaire une clarification de l’avis scientifique commun ou un travail scientifique complémentaire. Les présidents des groupes ont répondu que les opinions minoritaires avaient longuement été examinées lors de la préparation de l’avis commun et qu’aucun travail scientifique ou clarification supplémentaires n’étaient requis pour le moment.

Pour des informations complémentaires à ce sujet, vous pouvez consulter les sites internet suivants.

 

Documents Scientifiques  
Technical Guidance: Microbial Studies

Publié: 21 octobre 2008  Adopté: 21 octobre 2008