Créé en 2002, le conseil d’administration de l’EFSA veille au fonctionnement effectif et efficace de l’Autorité, il assure son mandat tel que défini dans le règlement fondateur et répond aux attentes des institutions européennes et nationales, des parties intéressées et du public. La fonction et le rôle du conseil d’administration ont évolué depuis que l’Autorité est devenue opérationnelle en 2002. Il s’attache principalement à élaborer la stratégie et l’orientation de l’EFSA, ce qui constitue une évolution par rapport à sa mission principale initiale qui était d’adopter des règles et procédures.

Le conseil se réunit plusieurs fois par an.

Ses tâches principales sont les suivantes:

• il établit le budget et les programmes de travail, tout en assurant le suivi de la mise en œuvre de ceux-ci;
• il nomme également le directeur exécutif et les membres du comité scientifique et des groupes scientifiques.

Il assure également d’autres tâches, plus générales:

• s’assurer que les priorités de l’EFSA sont en adéquation avec son mandat et ses missions clés et qu’elle consacre suffisamment de temps à l’ «auto-attribution de tâches»; cette dernière intervient lorsque l’EFSA, dans le cadre de son travail habituel, identifie un problème particulier qui nécessite, d’après elle, une analyse et une recherche plus approfondies;
• répondre aux exigences juridiques et faire en sorte que l’EFSA respecte les délais fixés pour les avis scientifiques dans la mesure du possible;
• garantir une gestion et une fiabilité financières adéquates.

Les décisions du conseil d'administration sont prises par la majorité de ses membres.